コーヒーは実は膀胱癌の発症リスク因子の一つに挙げられます。当然ですがそんなに可能性が高いというわけではなく、膀胱粘膜に対して刺激になるということです。おそらくコーヒーの成分が尿から排出されるため臭いを感じるのだと思われますが、それ自体は異常ではなく代謝の関係でそういうことが起こりますので、あまり気にすることはないと思います。気になるようでしたら回数や量を減らしたり、一度に大量に摂取しないようにした方が良いと思います。