インフルエンザワクチンは病原性をなくした不活化ワクチンであり、胎児に影響を与えるとは考えられていないため妊婦は接種不適当者には含まれていません。海外ではインフルエンザ感染による母体死亡や重症化の危険性から、インフルエンザの流行時期前に、14週以降（安定期）の妊婦にはインフルエンザの予防接種をするべきであると勧告しています。また、心疾患や糖尿病などの合併症妊娠では、週数の如何にかかわらず予防接種をすべきとも勧告しています。 これまでにインフルエンザワクチンで明らかに胎児に奇形が生じたという報告はありません。予防接種や内服など、何もしなくても3％程度は何らかの障害を持って生まれてくる確率は誰にでもあります。そういうことをすべて踏まえて、最終的にはご自分の判断に任されると思います。