質問、有難うございます。
痛みの原因としては、2通りの考えが自分には有ります。
一つは、「ほくろの周囲に、神経組織が密に発達していて、それが時々、電気信号の異常で痛みを発する」です。
もう一つは、「ほくろでは無く、血管腫（血管が多量に発達しているデキモノ）で、血管の収縮に伴い、痛みを発する」です。

いずれの場合も、除去すると痛みは無くなると考えますが、手術自体が大変かも知れません。
診断名がつけば、手術は保険適応でできます。

回答は以上です。
他に疑問が有りましたら、気軽に相談して下さい。

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回答させていただきます。
基本的には局所麻酔で日帰り手術になることが多いです。手術の詳細は施設によっても違いがありますので、担当医と相談されると良いでしょう。
ご質問ありがとうございました。